ალტე უნივერსიტეტის ორგანიზაციული სტრუქტურა განპირობებულია უნივერსიტეტის სტარტეგიული მიზნებით და მათი ეფექტიანი მიღწევის უზრუნველყოფის აუცილებლობით. უნივერსიტეტის საქმიანობის ძირითადი მიმართულებების მიხედვით განსაზღვრულია დიფერენცირებული სტრუქტურა მკვეთრად გამიჯნული და ნათლად ჩამოყალიბებული ფუნქცია-მოვალეობებით.